【2021年02月20日】中華民國教育部調查證實，臺大教授李篤中違反兩岸條例，未經許可主持中國4項研究計劃，總金額245萬人民幣。李篤中被處以30萬新臺幣（約7萬人民幣）的罰款。這是教育部首度針對臺灣學者參與中共「千人計畫」進行處罰。
據自由亞洲電臺報導，臺灣大學化工系教授李篤中去年參與臺灣科技大學校長遴選時，被爆料曾出任中共長江學者，並涉及主持中共國家研究計劃。當時李篤中發表退選聲明，澄清自己依規定並未接受對岸兼職合約。但是教育部接獲檢舉展開調查，18日公布調查結果屬實，進行開罰，成為臺灣學者參加中共「千人計劃」被開罰的首例。
李篤中涉主持中國四個專案
教育部國際及兩岸教育司科長賴信任19日說：「臺大教授李篤中自民國98年（2009年）起，以中國哈爾濱工業大學名義申請中共國家自然科學基金委員會3項研究計劃。3項計劃皆未經主管機關許可，經本部查證屬實，已違反臺灣地區與大陸地區人民關係條例第33條之壹第壹項第壹款規定。教育部依兩岸條例第90條之二第壹項規定，處新臺幣30萬元罰鍰。」
賴信任說，這3項計劃金額共165萬人民幣，李篤中另以復旦大學名義合作壹項80萬人民幣的研究計劃，4案總研究經費245萬人民幣。
兩岸條例規定，與大陸地區黨務、軍事、行政、具政治性機關（構）、團體合作，必須經主管機關許可。李篤中並未經許可。
賴信任表示，「從他計劃發表的論文中看到致謝中共國家自然基金會，我們有請他本人做壹些說明，也邀請專家學者針對他的說法事實釐清認定，也透過相關學術同行評鑒跟審查，他本人還是認為他沒有。」
李篤中去年被爆料時曾否認，自由亞洲電臺19日致電臺大李篤中研究室和學生留言，及其個人郵箱試圖聯繫，但截稿前未獲回應。
臺灣大學校方表示，尊重教育部後續調查及處理。行政院大陸委員會發言人邱垂正18日表示，尊重教育部調查結果。
中華民國政府2018年下令未經許可不得參與中共「千人計劃」
邱垂正說，行政院在2018年3月指示各公私立科研機構及大學院校的現職專任教師及相關人員，未經許可不得參與中共「千人計劃」、「萬人計劃」，及其它各項國家基金及國家重點科學研究計劃。
邱垂正表示，陸委會將持續會同了解臺灣有無相關人員違法情事。
臺灣大學特聘教授吳瑞北認為，以美國最近對處理美國大學涉及中共「千人計劃」，開罰的金額是臺灣三十倍到五十倍，甚至逮捕、起訴、解聘的都有，臺灣查了這麼久，只有李篤中壹人有這問題嗎？如果不是，卻只有他被罰，這樣合理嗎？這就像是水已經在漏了，只補壹點油漆，恐怕沒辦法堵住漏水的狀況。
學者：臺灣應向美國取經 國安單位應介入調查
吳瑞北說，臺灣應該可以請國安單位去跟美國請教怎麼處理「千人計劃」？ 如果要處理恐怕國安體系也要處理，教育部沒這能力。
他表示，中共的研究計劃不見得有公告，臺灣教授是否涉及在其中，只有學界同行、親近的人洩露才會知道，或是在出版、發表的文章中露餡。李篤中案如果不是他出來選校長，或是在論文致謝中共方面，大概不會被爆料。
吳瑞北指出，中共明顯用「千人計劃」有系統地拿取智慧財產權，過去臺灣有教授就是到大陸執行太空科學方面計劃，這就很嚴重。臺灣應該針對機密性領域做更嚴格規範。