起诉书指，39岁的宋琛于2018年12月持J-1非移民签证入境美国，在斯坦福大学以访问学者身份参与科研工作，她在签证申请中自陈在军方服役的时间段为2001年9月1日至2011年6月30日，之后退役并在北京西钓鱼台医院工作。
但检方指，宋琛入境及逗留美国期间一直是现役中共军人，且用西钓鱼台医院来掩饰其真正的工作单位——中共空军总医院。若宋琛一开始就表明她服务于军方单位，则必须申请由美国领事馆正式核准的外交签证。
检方又指，宋琛接受调查时向联邦调查局（FBI）探员说谎，并销毁其与中共军方有关的证据，包括她持有的军人身份证明，网上的军队背景内容及可能导致入罪的电子邮件。
FBI更指出，2018年一份隶属于中共空军总医院的飞行员脑梗塞相关研究中，宋琛被列为共同著作人；通过网络搜索可以看到宋琛在空军总医院神经内科担任主治医师，擅长重症肌无力的诊治。
FBI反情报分部助理局长柯勒（Alan Kohler）在起诉书中指，“中国（中共）政府屡次窃取美国的研究成果，利用我们的大学，并没有遵循国际规范。”
FBI指，会确保美国西岸湾区的学术机构，不受中共军方成员故意、肆意隐瞒身份，继而进入美国研发。
宋琛将于4月7日在三藩市的加州北区联邦地区法院再次出庭，案件于4月12日宣判。
2020年7月，宋琛及另外3个涉中共现役军人身份的中国访问学者被FBI指控签证欺诈，进行调查及起诉。据美国司法部2020年7月17日的起诉书，签证欺诈若成立，宋琛可能面临10年监禁，外加3年的监督（supervised release，服刑10年后3年内被监督），及25万美元罚款的刑事处罚。