1949年，当一些知识分子纷纷从香港北上去迎接“新中国的诞生”时，钱穆迁往香港。
在他看来，中共得天下，就意味着中国几千年文化传统的中断，他在英国属地香港，创建了香港中文大学的前身——新亚书院，以发扬中国文化为最高教育宗旨。
钱穆预言：“此下世界文化之归趣，必将以中国传统文化为宗主。”
靠自学 从乡村教师到进入北大授课
钱穆，原名恩鑅，字宾四，清光绪廿一年（1895年7月30日）生于江苏无锡的七房桥。他7岁入私塾读书，1911年因辛亥革命，中学学校停办，他辍学后自学。18岁后，钱穆当了十年小学教师， 1922年以后，他又当了八年中学教师。
一直自学苦修的钱穆，致力于史学研究，1930年，因《刘向歆父子年谱》和《先秦诸子系年》两篇著作，使学界人士对其推崇备至。后由顾颉刚推荐，钱穆被聘为燕京大学国文讲师，讲授中国上古史和秦汉史。
居北平八年，钱穆先后授课于北京大学、清华大学、燕京大学、北平师范大学等名校。
在燕大，钱穆见陈寅恪穿长袍，遂改穿长袍，一直坚持到老。当时北大名师云集，戴金属细边眼镜的钱穆，被学生评为北大最叫座的教授之一，学生中有“北胡南钱”之说，胡即指胡适，他俩都因以演讲的方式授课而闻名。
一次，燕大校长司徒雷登宴请教师，钱穆直言，入燕大校门即见M楼、S楼，既然在中国，就该起中国名字。校务会采纳了钱穆的建议，后将M楼改为穆楼，S楼改为适楼，楼贝公改名办公楼，其它建筑也都赋以中国名称。校有一湖，因一时无名，就根据钱穆的提议取名“未名湖”。
抗日战争爆发后，钱穆随北大南撤到云南蒙自，期间他与诗人、考古学家陈梦家往来密切。陈梦家劝钱穆写一本中国通史的教科书，后来在陈梦家的启发下，钱穆一反此前中国通史的西方化叙事倾向，写出《国史大纲》，它饱含强烈的道德意识与爱国热情，展现出“对其本国已往历史之温情与敬意”，很快风行全国，成为各大学通用的历史教科书。
而民族危亡之时，西学东渐，很多青年受中共革命文化的影响，当时阅读的多是“左倾进步书籍”，以民族虚无主义为时尚，蔑视和贬低中国传统文化，称之为“腐朽没落”。
钱穆二儿子钱行说，“1949年以前，好像真没读过父亲的什么书。那时我读高中时，父亲有次回来，见到三弟（钱逊）那里有从苏联大使馆要来的《列宁选集》，曾经把我们召集在一起教育一番。但是当时也不怎样接受……其实那时候的青年学生，和后来的红卫兵运动也差不多，很狂热的。”
钱穆劝儿子看《曾国藩家书》，不要看那些“马列的书”，不要上当、相信那些东西。但后来儿子们与马克思列宁主义接触，都参加了学生运动，自认为“进步、革命”，逐渐远离了父亲。
钱穆在学生时代，也曾参加过学潮，但在北平、西南执教期间，钱穆不支持学运，因为中共宣传马克思主义，鼓动阶级斗争与唯物史观，与他的传统理念相悖。钱穆后来离开了西南联大，也与当时校园激进的左倾思想有关，“闻一多公开在报纸骂余为冥顽不灵。……凡联大左倾诸教授，几无不视余为公敌。”
预感在赤色中国难有容身之地
“以中华文化民族意识为论旨”的《国史大纲》，受到蒋介石的赏识。1942年，蒋介石约见钱穆，钱穆拒绝了，次年，蒋介石再度约见钱穆。提倡宋明理学的蒋介石，与钱穆思想非常相合。后来，钱穆再次受蒋介石的邀请，与冯友兰一起去重庆，为国民党中央训练团讲演。期间，为钱穆安排的每餐饭蒋介石都要亲自去看，亲口品尝是否合口。蒋介石还请钱穆负责《宋元明清学案简编》里清代部分的编写。
钱穆多次赞扬孙中山先生所创立的“五权宪法”、“五院制度”，尤其考试制度、监察制度，认为充分体现了中国传统精神，钱穆的价值观与中共倡导的马列格格不入。
1949年4月，中共军队越过天堑长江，挺进江南，很多知识分子面临去与留的抉择。钱基博先生的孪生兄长钱基成，对中共怀有深望，屡劝钱穆留下。钱穆问他，“您研究古文辞，您看看军队渡江的那篇文告，有无大度包容之气象？”钱基成不语。
从文告中，钱穆当时就预感到，赤色中国难有他容身之地。而那篇文告正是出自毛泽东之手。
1949年8月，毛泽东发表评论《丢掉幻想，准备斗争》，点名批评胡适、傅斯年和钱穆三人，说他们是“被帝国主义及其走狗的中国反动政府”所能控制的“极少数人”。
钱穆认为自己“单枪匹马，一介书生”，“足迹不到京、沪、平、津，不在公立学校教书”，“怎么会找到我头上”。此文发表之前的四个月，胡适已经去了美国；八个月前，傅斯年去了台湾。
当时，钱穆正应香港华侨大学之邀，赴广州任教。10月，钱穆嘱托苏州城防司令随时照顾家小，然后自己随华侨大学迁至香港，妻子和五个孩子都留在了大陆。
在香港创办中文大学 以发扬中国文化为最高宗旨
钱穆在香港见到许多彷徨的流亡青年走投无路，于是有了创办大学的想法，“我觉得自己是从事教育工作的人，怎忍眼看他们失学。同时，也觉得自己只有这一条适当的路可以走。虽然没有一点把握，但始终认定这是一件应当做的事。”
自认流亡知识分子的钱穆，一边在《民主评论》上发表文章，一边与谢幼伟、唐君毅、崔书琴等学者，在九龙伟晴街借用华南中学的三间课室，筹办“亚洲文商学院”，夜间上课，由钱穆任院长。
1950年秋，上海商人王岳峰在九龙深水埔桂林街61—65号购得新楼三楹，供作新校舍。校舍简陋，没有图书馆。亚洲文商更名为“新亚书院”，改为日校，钱穆出任院长。
学校经费困难，办公室晚上就是卧室。钱穆自奉节俭，先是栖身在校舍打地铺，后搬到贫民区，再搬到偏远乡村租房。他每天搭巴士、火车上课，立定讲坛，舌耕不辍。
学生几乎全部是来自内地的流亡青年，很多露宿在学校天台、楼梯上。师生不到百人，学费收入仅有20%，每月亏空多达三千多港币。后来蒋介石一直帮助了四年，数年后，学校获得美国耶鲁、哈佛的援助，蒋介石才开始停止拨款。
