美国司法部长巴尔（Bill Barr，图左）和康州联邦检察官达勒姆（John Durham，图右）。(SOH合成图片)
在穆勒被任命为“通俄门”调查特别检察官前后，巴奈特是调查前国家安全顾问弗林（Michael Flynn）一案的首席特工，并协调FBI的几个分析师。
巴奈特说，他曾经请求离开弗林案，并称后来对弗林的起诉是为“搞倒川普”的一个行动。FBI的分析师非常担心潜在的渎职行为，因此他们还讨论了如何购买职业过失保险。
基于假设的假设
巴奈特告诉司法部调查人员说，他在2016年8月被分派到弗林案后不久，就发觉此案是“基于假设的假设”，该案的调查是“不清楚和混乱的”。
巴内特说，不知道立案的人想查什么。该案的情报分析师调查了消息人士对2014年一个涉及弗林事件的指控，发现这一指控“不合理”。
调查开始六个星期后，巴内特仍然一无所获。他说，一些官员认为，共和党全国代表大会在乌克兰问题上的微小变化是勾结的迹象。 巴尼特表示，他认为这是一种 “猜测”。
在2016年11月8日的选举日，有消息说FBI要结束弗林案。在那期间，FBI的一位分析师告诉巴内特，这个调查是“徒劳无益的”。但另一位主管分析师则是勾结理论的“信奉者”，坚信弗林触犯了法律。
巴内特说，大选结束后，他想面谈弗林，以便结案，但该请求被上级阻止。在圣诞节和除夕之间的一周内，一名主管下令将弗林案结案。于是巴内特在2017年1月3日至4日起草了结案文件，但在1月4日中午接到命令，弗林案继续进行。
根据FBI助理副局长特克利夫（Peter Strzok）的记录，前总统奥巴马第二天在白宫与副总统拜登、联邦调查局局长科米（James Comey）和司法部副部长耶茨（Sally Yates）亲自讨论了弗林案。
奥巴马透露，他知道即将就任国家安全顾问的弗林与俄罗斯驻美国大使之间的电话内容。奥巴马告诉科米和耶茨派“合适的人”处理该案。拜登则提出要用《洛根法案》针对弗林。
不到三周后，巴内特得知另外两名特工于1月24日在白宫与弗林进行了面谈。他事前不知道这个面谈，通常他作为案件的首席特工应该被告知。巴尼特对调查人员说，他现在认为他被 “排除”在了面谈之外。
2017年2月，巴尼特要求FBI 部门负责人让他离开弗林案，因为他认为此案有问题，可能会促使司法部监察长进行调查。
后来巴内特加入了穆勒团队，但他很快就遇到了“有动机”的官员，其中包括穆勒的律师珍妮·李（Jeannie Rhee），巴尼特说她“痴迷于弗林和俄罗斯之间的关系”。
巴尼特告诉调查人员说，穆勒团队里调查弗林案的律师主要是民主党人，他们坚信存在“犯罪”，因为想出名，他们都想要第一个发现“罪证”。
在与证人的面谈中，他们急于找到“罪证”。在穆勒的律师多次面谈川普圈子里的人时，是巴内特的介入和追问才澄清了问题。这促使律师试图将他排除在面谈之外。当巴内特扬言要向监察长报告此事后，他被允许继续参加面谈。
在一次面谈中，弗林说了一些话暗示川普知道他给俄国驻美大使基斯里亚克（Kislyak）打过电话。巴尼特觉得弗林只是想说律师想听的内容。因此他不得不介入追问了一个问题，弗林澄清说川普并不知道这些电话。
购买职业过失保险
巴内特并不是唯一担忧“通俄门”调查的官员。根据9月24日披露的内幕消息，从事调查的FBI和中央情报局（CIA）的分析师都非常担心，即将上任的新政府可能对他们的工作进行审查。他们因此购买了职业过失保险。
有两个分析师之间的短信表明，他们都承认弗林案调查没有发现任何实质性内容，并对继续进行调查表示愤慨。
其中一位写道，FBI官员“争先恐后地寻找信息以支持某些事情，这简直是疯了。”
希拉里计划
9月29日，另一个揭露“通俄门”调查明显缺乏实质性内容的一个潜在原因浮出水面。国家情报总监拉特克利夫（John Ratcliffe）在一封信中透露，当时的中央情报局局长布伦南（John Brennan）在2016年底向奥巴马简报了俄罗斯情报部门指称的希拉里的一个计划。希拉里计划将川普与俄罗斯情报部门网路攻击民主党全国委员会一事联系起来，从而煽动围绕川普的丑闻。
在美国情报部门于2016年7月下旬获得俄罗斯的情报分析后，布伦南向奥巴马和其他国家安全官员简报了希拉里的计划。
根据特克利夫的说法，2016年9月7日，美国情报官员将此事通告了科米和特克利夫。他写到：“（情报界）不知道这一指称的准确性，也不知道俄罗斯的情报分析可能在多大程度上夸大或捏造。”
FBI于2016年7月31日正式开始对川普竞选团队进行调查，那是在希拉里涉嫌批准抹黑川普的五天之后。启动该调查的基础是川普竞选团队的外交顾问帕帕多普洛斯（George Papadopoulos）在谈话中谈到俄罗斯人有希拉里的“黑材料”。
尽管从外国情报中截获的任何信息都应仔细审查，但布伦南向奥巴马做简报一事表明，无论情报的真假，奥巴马政府最高层对该情报存在严重担忧。随后又向科米和特克利夫通告，更证明了此事潜在的重要性。
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