鼠疫杆菌是种细菌，它有一个460万对碱基长的环形染色体，以及3个质体：pCD1、pPCP1、pMT1。
根据历史记载，鼠疫杆菌肆虐已有 1500 年，确定的有过 3 波疫情大爆发，每次都死掉几千万人。
第一次的查士丁尼瘟疫（Plague of Justinian）距今约 1500 年，主要发生在欧洲，严重削弱了拜占庭帝国的实力。
第二次就是赫赫有名的黑死病（Black Death），600 多年前疫情高峰时，没几年就消灭了当时超过3分之1的欧洲人口；
起源自中国南方，在 1894 年最严重，蔓延到全世界的第三次大爆发，距今并没有太久，这波疫情最后导致千万人以上死亡。
鼠疫比历史记载更古老
研究古代 DNA 的技术进展，让我们能直接从古代样本中寻找答案。我们从西元 6 世纪的样本中，确认鼠疫杆菌存在，证实它们确实是查士丁尼瘟疫的真凶。
杀人效率不逊共产党的鼠疫杆菌，是如何起源，又怎样演化，成为杀人魔王的？继黑死病与查士丁尼瘟疫的研究之后，Eske Willerslev领军的研究团队，把目标定在欧亚大陆的青铜时代，也就是距今 3000 到 5000 年前。这个研究看来是 Eske Willerslev 团队大计划中的一部份，他们从定序了青铜时代，位于欧洲、西亚、中亚各地 101 具人类遗骸的基因组里面，研究当时人类的迁徙与遗传史。新的发现这 101 个人中，有高达 7 位感染过鼠疫杆菌，意谓比历史记载的 1500 年前更早，早在将近 5000 年前，鼠疫杆菌已经开始感染人类。
研究团队发现：所有鼠疫杆菌共同祖先是在 5783 年前，不比最早已知感染人类的时间点，也就是 5000 年前更早多少。鼠疫杆菌和 Y. pseudotuberculosis 是在 54735 年前分开，Y. pseudotuberculosis 主要感染对象是跳蚤，也会感染人类，但不像鼠疫杆菌一样致人于死，这段漫长的时间里，想必发生过某些事，才让鼠疫杆菌从 Y. pseudotuberculosis 般的跳蚤克星，转型成杀人如除草的死神。
从跳蚤克星演变成杀人机器
这些古早的鼠疫杆菌杀伤力如何？有 55 个重要的致病基因，7 个古代菌株已经拥有了绝大部分，因此当时的人碰上它们，多半仍是必死无疑，不过年代较早（3700年前）的 6 个样本，倒是没有 Yersinia murine toxin（ymt）这个基因。鼠疫杆菌要靠 ymt 才能把跳蚤当作载体，借由老鼠散布到更大的范围，直到 3000 年前青铜时代结束时，鼠疫杆菌才获得这张搭便车的车票。
第一个确定感染的病患出现在将近 5000 年前，比历史记载提早 3000 年以上。当时的鼠疫杆菌已经配备大部份致病基因，应该足够致命，不过仍不能搭跳蚤便车，也无法造成腺鼠疫，所以传染能力有限，要等到 3000 到 3700 年前间的某个时候，先获得 ymt 基因，3000 年内再有了 pla 的关键突变，鼠疫杆菌才成为后来查士丁尼瘟疫与黑死病时，那副纵横天下的样子。
鼠疫几千年来对人类的经济、科技、社会、思想等方面影响非常剧烈，文学中也有不少大规模传染病的影子。薄伽丘成书于黑死病时期的《十日谈》，背景就安排在一场瘟疫蔓延时；卡缪的代表作，甚至直接就叫作《鼠疫》；蔡明亮的电影《洞》，更是透过传染病，把人与人之间的情感，演绎的精彩无比。
尽管鼠疫杆菌已经感染人类超过 5000 年，但我们却直到 100 多年前才逐渐认识它们。
中国大陆的鼠疫
据英国BBC本月13日报道：鼠疫的自然来源是啮齿类动物，它是一种人与动物共患的疾病。
专家警告，我们不可能将地球上的老鼠赶尽杀绝，因此，彻底消灭鼠疫，比起其它一些疾病来说难度要更大，比如天花、脊髓灰质炎、麻疹等。因此，我们最好的选择是提高意识、尽可能地避免感染。
专家还说，有必要进一步加强对鼠疫菌的研究，因为它不断变化、可能对已有的治疗手段产生抗药性。
据自由亚洲电台报道：中共内蒙古卫计委周日（17号）证实新增一例鼠疫疫情，这是当地发现疫情数月以后，首次对外发布相关资讯，中共官方表述，未发现内蒙古新增鼠疫病例与此前在北京确诊的前2例病例之间有流行病学关联。中共官方这一说法间接证实这次鼠疫疫情可能有多个疫源地。
据财新传媒的报导显示，早在今年8月14日、17日、20日和25日，当地就已经从动物监测中陆续检出鼠疫菌12株。这意味着疫情已在动物间大范围传播。但中共此前一直严密封锁相关资讯。业内人士指，中国官方目前仍全面封锁消息。
