1942年8月，先后到达印度的中国远征军新38师和新22师进驻印度训练基地，番号改为中国驻印军，开始装备美军武器和训练。10月，中国驻印军改编成新一军，郑洞国任军长，孙立人任新38师长、廖耀湘任新22师长。1943年10月，中国驻印军开始反攻，消灭了缅印边界全部日军，孙立人也因为战功卓绝而获颁青天白日勋章。
那段时间，欧美各国尊称孙立人为“东方隆美尔”，把他和德军陆军总司令隆美尔相媲美；连战败的日军在缅甸战后史料上，都尊称孙立人为“中国军神”。
1945年日本投降后，孙立人的新38师回到中国境内，国共大规模内战即将开始。当时，苏联的军队已经占领东北，把缴获的日本关东军的军火装备给了中共。根据当时的记录，林彪接受了“枪支十万支，大炮数千门及弹药、布匹粮食无数”。苏军还把受降的伪满洲国20万军队交给中共整编，再加上当时成千上万失业的劳动力为糊口也来当兵，所以林彪的部队从当初的6万人迅速发展到30万，成了共军作战能力最强的部队。林彪率部占领了长春、哈尔滨、齐齐哈尔等重要城市。毛泽东急于占领更多地盘，命令林彪 “不惜任何牺牲”“死守长春”“死守四平”。
1946年3月，蒋介石下令在4月2日前必须攻下四平，可东北保安司令杜聿明指挥不力，进展迟缓，蒋介石非常焦急，派国防部长白崇禧飞赴东北督战。白崇禧一到东北，立即重新调整作战部署，国军士气大振。白崇禧赴前线督战，命令孙立人的新一军向四平发动攻击。孙立人只用三天时间就攻克四平，把林彪十多万人的军队打得丢盔弃甲。当时，共军部队流传这样一句话：“只要不打新一军，不怕中央百万兵”。
那次，林彪化妆成伙夫随残兵败将狼狈逃窜到哈尔滨和长春。跟据当时的情报，长春有六千苏联红军，南京国民政府怕跟苏联冲突起来，酿成国际事件，所以命令国军不能开进长春。此时林彪的军队奄奄一息，正是彻底歼灭东北共军的好时候。白崇禧顶住压力命令杜聿明进攻长春，自己赶回南京向蒋介石报告。
当时长春已经攻破，白崇禧向蒋介石提出希望乘胜追击拿下哈尔滨、齐齐哈尔、佳木斯、满洲里等重要城市，彻底剿灭东北共军，并乘机挥师歼灭华北聂荣臻共军的全盘计划。他还对蒋介石说，希望继续留在东北督战或者亲自指挥战斗。在国共双方生死存亡关键时刻，面临灭顶之灾的中共慌忙求和，美国总统特使马歇尔受周恩来蛊惑，八次上庐山对蒋介石施压，蒋介石迫于压力，下令白崇禧立即返回南京主持国防部工作，不要再管东北战事，并宣布东北停战，丧失了大好机会。
此后，蒋介石把东北战事交给了杜聿明。作为当时最高军事主官的杜聿明妒贤嫉能，排斥压制孙立人，俩人发生了不止一次冲突，杜聿明甚至多次发电报要求换掉孙立人。之后，蒋介石把孙立人升为东北保安司令部副司令长官的虚职，暂时解除了他的兵权。
孙立人离开前线后，林彪部队得到喘息机会，国共双方军事力量逐渐的实现逆转。加上国防部高级共谍郭汝槐、刘斐等人的破坏，抗日名将张灵甫、邱清泉、黄百韬等人接连在徐蚌（淮海）战场上壮烈殉国，杜聿明、廖耀湘、郑洞国等将领被俘，最后东北和华北全都沦陷到林彪部队手里，加上国内经济崩溃，蒋介石已经彻底无力回天。
1949年蒋介石被迫撤到台湾，孙立人满怀遗憾，虽然身在台湾，但是一心反攻大陆。这时的孙立人早已是上将军衔，但他肩头上只挂二个星，他说，第三颗星要在反攻大陆时挂上。
按照蒋介石已公开的日记里写的，从1951年1月初开始，孙立人提出反攻大陆计划，极力说服蒋介石，也希望取得反攻大陆的军事指挥权。但是没有得到蒋介石的同意。
1954年第一次台湾海峡危机，孙立人对美联社记者说：反攻大陆确实是一个极危险的赌博；但是延迟反攻并不会减少危险性。他表示：“共党的力量外看似乎要比实际上强大；但中华民国军队反攻后，大陆匪军将普遍起来反正，被奴役的人民将起来帮助我们。”
孙立人的态度是：“进攻总是一桩冒险的事，不过我们非做此冒险不可——我们在这里除此之外还为了什么？”
由于孙立人将军主张军队国家化，反对政府象中共一样采用政工制度影响军队建制，再加上他的个性心直口快，最后终于遭人构陷、陷入政治漩涡。1955年5月，孙立人旧部属郭廷亮被捕，军统局长毛人凤逼迫郭廷亮说自己是共匪间谍，引发《郭廷亮匪谍案》。5月28日，孙立人引咎辞职。不久，台湾当局以部属预谋发动兵变为由，对孙实施看管侦讯。
8月20日，中华民国政府以“纵容”部属武装叛乱、“窝藏共匪”、“密谋犯上”等罪名，公开革除孙立人总统府参军长职务。孙立人引咎辞职，蒋介石指定陈诚为主任组成9人调查委员会开始调查。调查结果提交以后，蒋介石以孙立人抗战有功的理由，特准他改过自新，孙立人被判处“长期拘禁”在台中寓所。之后，他的亲信和部属一一被查办，300多人受牵连入狱。
孙立人被怀疑身边有共谍，事后证明确实是冤枉他了。但是台湾防范共谍这事儿本身，不能说没有必要。为什么呢？国共内战蒋介石率领的国军为什么败走台湾？其中一个重要原因就是共产党的间谍战。最著名的就是：蒋介石身边，国民党国防部作战厅长郭汝槐就是中共间谍！国民党所有的作战计划、部署和行动，郭汝瑰都以最快速度送到毛手里。你想这么一来能有好结果吗？所以国民党才处处被围、被打，直到败走台湾。
说话孙立人到台湾后已是年过半百的人了，可膝下一直无子。最难受的要算夫人张晶英了，她心怀愧疚，总觉得对不起孙将军。孙立人宽慰夫人，告诉她没孩子也没关系。话是这么说，毕竟老孙家八代书香门第，孙立人将军又声名显赫，后继无人还是很遗憾的。夫人张晶英存了心思，开始为孙家传宗接代物色人选。
1950年的时候，张晶英发现在孙府做管家的台湾台南姑娘，护士出身的张美英是个合适人选。在张晶英的撮合下，张美英嫁给了孙立人，为孙立人生下了两儿两女。而张晶英了愿以后，皈依了佛门。
孙立人管教孩子的方式非常独特，象带部队一样。他把桌子排成一排，要求4个孩子看书保持足够的距离，看谁太近了就上去敲脑门。孩子们喜欢看电视，孙立人只允许孩子看新闻了解世界大事。
被幽禁的头2 年，家里没有任何收入，陷入生活危机，孙立人就在院子里种玫瑰，让人拿到市场上去卖，人们管那些玫瑰叫“将军玫瑰”。
孙立人自始至终对国家一片赤诚。他有一个信念：“中国安定，天下太平”。所以，他给四个儿女起名，分别叫：中平、安平、天平、太平。孙立人当年在清华预科班读书，他的四位子女，有三位入读台湾清华大学。
1987年7月14日，时任中华民国总统的蒋经国发布“总统令”，台湾地区解除戒严。
政治气候转暖，让孙立人的旧属感到给老长官寻回公道的时机到了。以原新一军参谋长舒适存为首的10位将军发起了“印缅远征军联谊会”，为孙立人平反而努力奔走。
1988年1月13日，蒋经国逝世。政治空气进一步活跃起来。2月，孙的家人联系《自立晚报》记者李文邦到孙家访谈，《孙立人案》真相随即发表。自此，《孙立人案》成为媒体报纸关注的焦点新闻，要求还孙立人清白和恢复孙立人的荣誉，公布“监察院”5人小组调查报告的社会呼声和压力越来越大。
3月20日和27日，“国防部长”郑为元两度亲往台中拜访孙立人将军，表示今后将军有行动和言论的充分自由，可以到任何地方，见任何朋友。自此，孙立人结束了长达33年的幽禁生活，重获自由。有记者采访孙立人对“平反”一事有何感想时，孙立人立刻反驳“从未反过，何平之有”！
1990 年11 月19 日，孙立人病逝台中，国军一级上将郝柏村下令，由陆军总部用军礼办理治丧事宜。发丧那天，灵堂里设总统褒奖令和旌忠状、蒋夫人宋美龄赠送的花圈及总统李登辉等人送的挽联。到场祭拜的有国防部、参谋总部、三军各总部等各部要员，民众更是近万人。
台湾中央研究院经过不断调查取证，在2006年发布了学术调查结论，《孙立人谋反案》“查无实据”。2011年，台湾监察院公开该案档案，证明当时监察委员就认为政府处罚孙立人是一个错误，中华民国总统马英九也向孙家道歉，彻底还给孙立人将军应有的清白。
在美国弗吉尼亚军校的校史馆里，有三位纵横第二次世界大战的杰出校友——中华民国抗战将领孙立人将军、美国将领马歇尔将军、巴顿将军。校史馆永久展览孙立人生前所用的军服、军帽、马靴、马鞭、缴获的日军军旗、毕业证书和画像。这位战绩卓著的二战将领，象一颗明亮的星星一样，永远闪烁在二战历史的浩瀚星空……（完）
