武汉病毒研究所帮助中共军方进行秘密研究
美国国务院表示，虽然武汉病毒研究所自称是一家民营研究所，但是美国政府已经断定，武汉病毒研究所一直在与中共军方进行公开和秘密合作。而且最迟从2017年开始，武汉病毒研究所就在代表中共军方从事包括动物实验的机密研究。
国务院在其活动说明书中写道：“保密和不公开信息是中共一贯的做法。美国政府多年来一直在对中共过去的生化武器研究表示关切，虽然根据《生化武器公约》，中共有责任清除其所有的生化武器。而作为资助了武汉病毒研究所民用研究的国家，美国和其它赞助国都有权力和义务来确定，他们的研究资金是否被武汉病毒研究所转用于中共秘密的军方研究项目。”
2019年秋 武汉病毒研究所已出现染疫研究员
美国国务院在该资料书中写道：“美国政府有理由相信，在2019年秋，在疫情中首位中共病毒确诊病患出现前，武汉病毒研究所就有数位研究人员染疫。这让武汉病毒研究所高级研究员石正丽公开声称的‘在武汉病毒研究所的工作人员和学生中无中共病毒病患’说法的可信度令人质疑。”
国务院指出：“在大陆突然爆发病毒疫情并不罕见，2004年北京爆发的萨斯病毒就是从实验室外泄的，当时北京实验室中有9人染疫，1人死亡。”
国务院还表示，中共一直拒绝独立记者、调查人员和全球公共卫生当局询问武汉病毒研究所的研究人员，包括问询那些于2019年秋染疫的研究人员，因此敦促中共配合关于病毒源头的调查，让调查人员问询武汉病毒研究所这些（曾染疫的）研究人员，并全面记录他们未公布的病情。
武汉病毒研究所在从事嵌合病毒工程研究
国务院还表示，武汉病毒研究所自从2003年萨斯疫情爆发后就成为了国际上冠状病毒研究的核心单位，而且一直在研究类似于老鼠、蝙蝠和穿山甲等动物。
该研究所于2020年1月份宣布，该研究所研究的 RaTG13病毒与中共病毒有96.2%的相似度。RaTG13病毒是武汉病毒研究所于2013年在云南数位矿工出现类似于萨斯的病状后，从云南通关山洞采集到的冠状病毒。而武汉病毒研究所至少从2016年就开始对RaTG13的研究，到中共病毒疫情爆发后也没有停止此研究的迹象。
国务院情况书中写道：“武汉病毒研究所发表了其从事嵌合病毒工程研究的记录，但是该研究所对于其研究类似于中共病毒之类的研究记录并不透明，也不一致。”
嵌合病毒工程是一种促发两种病原病毒重组，产生新病毒的工程，此技术可被用于研发生化武器。前苏联曾于20世纪80年代利用此技术将委内瑞拉马脑炎与天花和埃博拉病毒相结合，研发了杀伤力更大、传染性更高的基因重组病毒。
美国国务院因此敦促“世界卫生组织的调查人员必须获得武汉病毒研究所在中共病毒疫情爆发前，该所对蝙蝠和其它冠状病毒的研究记录。而作为彻底调查的一部分，他们还必须全面了解武汉病毒研究所为何修改，并随后从其网上完全删除其关于RaTG13病毒及其他病毒研究记录的原因”。
国务院最后表示，当中共病毒持续在世界上肆虐，在世卫调查人员被推迟一年后开始他们的调查工作的情况下，美国政府将尽其所能地支持国际社会对中共病毒源头进行可信的彻底调查，并继续要求中共对此保持透明。而任何对病毒源头的可信调查都将要求进入武汉病毒研究所，收集那里的样品，问询那里的人员并查看那里的记录。
