在悼念三·一八惨案死难同胞大会上，段祺瑞当众长跪不起，并立誓终身食素以赎罪，以表示他对这场杀戮的痛心疾首。
段祺瑞外孙女张乃惠回忆：母亲说外公当时在家里，不在执政府内，事先不知道学生游行的事，当时通讯不发达，怎能下令开枪？
一生没有房产的“六不沾”总理
晚清直至民国时期中的名流人士，尽管政治抱负各不相同，历史功过也自有后人评说，但他们为官做人都有重德尚义的气节，都展现了中国传统文化的底蕴。段祺瑞就是这样一位人物。
北洋军阀的几个巨头当中，段祺瑞是最为清廉的一个，他不贪污肥己，不卖官鬻爵，不抽大烟，不酗酒，不嫖娼，不赌钱，在当时赢得了“六不沾总理”的美名。更令人想不到的是，段祺瑞一生没有房产。
当时的军阀都有姨太太。段祺瑞原配夫人怕别人说她不贤惠，就主动张罗，帮段祺瑞找姨太太。段祺瑞后来发现，其中一位姨太太已有意中人，便吩咐夫人，要像嫁女儿一样，成全她和意中人的婚事，这在当时传为佳话。
段祺瑞也从不收礼，过年时最亲近的友人或下属送礼，盛情难却下，他只挑一两件最不值钱的，余下悉数退回。江苏督军齐燮元曾送给段祺瑞二十几件珍品和几扇镶嵌着各种宝石的屏风，五光十色，家人都盼望他能留下这些宝物。没想到第二天，礼物就被段祺瑞退回了。张作霖曾送他江鱼和黄洋，也被退回。
段家家教甚严，夫人和姨太太都不准干预公事。段祺瑞也从不给自己的亲人谋差事。有人劝他给儿子段宏业在政府部门谋个一官半职，被他一口拒绝；胞弟段启甫求官，也被段祺瑞拒绝，他给了胞弟一点钱，让他回老家合肥做生意；后来段启甫利用哥哥的影响拉拢生意，被人捅到北京，段祺瑞就严令制止了其弟的行为。
段祺瑞一生没有不动产，这在军阀中是绝无仅有的。原配夫人是袁世凯的干女儿，袁世凯就以这个名义在北京给段家送了一套房子。这套房的产权所有人和袁世凯打牌，输了40万大洋，就将房子抵押给袁世凯。袁世凯离世后，房主拿着房契找段祺瑞要房。段二话没说，带着一家人搬走了。他只在这栋房子里住了两年。从此，段家整个一大家子人一直靠租房和别人接济。
据段祺瑞的侄子段宏炳回忆，段祺瑞兄弟仨就他长寿，下一代共15个子侄都被他收养，他像亲生父亲一样关心他们，供他们读书，将他们抚养成人。段祺瑞喜欢听小孩子背书，背得好的还奖励一块钱。一大家子人都靠他一个人支撑。段祺瑞弃政后，全靠友人和以前的下属接济生活。
1924年3月，在纪念北京大学25周年的民意测验中，大学生投票选“国内九大人物”，段祺瑞得票仅次于孙中山、陈独秀和蔡元培，与胡适并驾齐驱，吴佩孚、黎元洪、冯国璋、张作霖等人难以望其项背。
张乃惠：外公没有下令向学生开枪
导致段祺瑞政治生命结束的是“三一八惨案”，即47名爱国学生、民众死于段祺瑞执政府的枪杀。
1926年3月18日，北京学生和民众在李大钊等人的领导下，就《辛丑条约》八国公使站在日本一方对峙国民军一事，向段祺瑞政府发出抗议请愿。游行队伍最后进入了铁狮子胡同（今张自忠路）东口，在民国临时政府段祺瑞执政府门前的广场集会。
示威者公推代表去向卫士长交涉，不知出于什么原因，执政府卫队长下令开枪，导致47人死亡、150余人受伤，包括两名便衣警察、一名卫兵。惨案发生后，社会群情激愤，各大媒体争相报导。共产党人邵飘萍主持的《京报》12天内，就发表了206篇消息、评论、通电和纪念文章。3月23日，北京各界人士齐聚北京大学大操场举行万人公祭大会。
社会各界把矛头指向了国务总理兼陆军总长贾德耀和段祺瑞政府。3月26日，在外蒙库伦的冯玉祥在当天的日记中说：“政府如此屠戮民众，诚自杀也。”
当时到底是怎么导致开枪的呢？后有记者披露，示威者中有人拿带铁钉的棍子，抢夺士兵的枪，混乱中才导致开枪。司法总长卢信认为，整个事件是共产党人挑起混乱和斗争的一个诡计。
那么到底是谁下令开的枪呢？史学界至今没有定论。北大校长傅斯年认为，此系冯玉祥部将鹿钟麟所为，也有人指出是贾德耀，或是卫队长官。更有人认为，此乃苏联人的一个阴谋。
更多人认为是段祺瑞下令开的枪。然而，段当时并不在政府内。后据段祺瑞的外孙女张乃惠回忆说：段家整家族的人认为，这是一个千古奇冤。张乃惠听她母亲说，段祺瑞当时在家里，根本就不在执政府内，学生示威游行的事，段祺瑞事先根本不知道！当时的通讯不发达，不知道发生了什么情况，怎能下令开枪呢？
当众长跪 终身素食
张乃惠的母亲告诉她，惨案让段祺瑞极度悲愤不安，那段时间他天天吃不下、睡不着。段祺瑞在政府召开的会议上说，“学生们年轻、热情、爱国心强烈，但他们容易冲动，很容易被人利用。”张乃惠的母亲说，“被人利用”显然指的是共产党人利用了学生。
段祺瑞颁布文件申明：“伏念青年学子热心爱国，血气方刚，陡起填膺之愤，意气所激，遂尔直前。揆其情迹，实有可原，特颁明令，优加慰恤。”他让人立即调查死难者的名字，给予优抚。段祺瑞还在悼念三一八惨案死难同胞大会上，当众长跪不起，并立誓终身食素以赎罪，以表示他对这场杀戮的痛心疾首。
张乃惠的母亲一直活到102岁，作为段祺瑞的亲生女儿，她很了解父亲的为人，段祺瑞腿病很重，却不顾自己的病痛，长跪不起。段祺瑞后来直到病危之际都一直食素，医生一再劝他改变饮食、增加营养，他始终没动摇。
张乃惠向母亲发过誓，一定要还原真实的段祺瑞给世人。
抵日南下
“三一八”惨案后，段祺瑞引咎辞职，举家迁往天津魏宗瀚宅。没有了薪水，经济更为窘迫，从小就吃苦节俭的段祺瑞，亲自审查日常开支详细账目，辞退佣人，厉行节约。因他平时善待部下，落难之际，一些老部下自愿轮流到他家站岗，并料理宅内杂务。
1928年蒋介石北伐胜利，到北京得知段祺瑞的生活状况，派吴忠信到天津看望段祺瑞，因蒋介石曾为保定陆军学堂的学生，便以“师生之谊”给段送了2万元生活费，以济时需。此后三四年，蒋介石陆续派人送充足的款项供段祺瑞解决一大家的生活问题。
九一八事变，日本人想利用段祺瑞的影响力来组织华北政府，对抗蒋介石与国民党。1932年底，日本关东军特务机关长土肥原曾多次到天津密访段祺瑞，许以厚报，遭到段祺瑞坚决拒绝。据段祺瑞后人回忆，日本人当时开车直入段府，段非常讨厌日本人。
1933年1月21日，蒋介石派交通银行董事长钱新之作为特使密赴天津，安排段祺瑞转到上海。段祺瑞后人袁迪新回忆，段祺瑞见到蒋介石的亲笔信后，巴不得马上离开天津，躲开日本人。
段祺瑞到达南京时，蒋介石亲自迎接。后蒋介石安排段祺瑞住在上海法租界霞飞路的陈调元公馆里。据段之女段式巽回忆：“先父寓沪期间，蒋氏除供应我一家生活上所需，诸如住宅、仆役及医疗等一切开支之外，每月另致送一万元供先父使用。”蒋介石让钱新之负责照顾段祺瑞生活，对段祺瑞可谓关心备至。
后来在接受《申报》记者采访时，段祺瑞说：“日本暴横行为，已到情不能感、理不可喻之地步。我国唯有上下一心一德，努力自求。语云：求人不如求己。全国积极准备，合力应付，则虽有十日本，何足畏哉？”
日本人还不死心，在天津拉拢段祺瑞旧部属王揖唐、曾毓隽，1935年某日，王揖唐给段祺瑞发了一封暗语电报，劝段祺瑞倒向日本人，段回复电报一封，断然拒绝，并请报社记者把与王往来的电文公布于众。
虔诚敬佛与“八勿”遗言
北洋政府里信仰佛道的人很多，比如，曹锟是佛教居士，曹汝霖既信佛又向道，段祺瑞则潜心信佛。
段祺瑞曾诚邀中国佛教界的领袖人物太虚在北京讲经说法。1925年，九世班禅受段棋瑞之邀乘坐专列到达北京，受到政府代表、蒙藏院官员及数千民众和军人的迎接。与此同时，段棋瑞在北京雍和宫进行系列法事活动。
在天津日租界寿街时，段祺瑞自号正道居士，在家中设佛堂礼佛诵经，平时和家人分餐吃素食。到上海后，他一心向佛，每日吃斋、念经、看书、下棋。段祺瑞一生酷爱围棋，资助过大批围棋国手，如吴清源、汪云峰、顾水如等人。他曾捐资修建青岛湛山寺，因而湛山寺边的一条马路，即以他的字号命名——芝泉路。
