除托马斯外，大法官塞缪尔·阿利托（Samuel Alito）和尼尔·戈萨奇（Neil Gorsuch）也反对驳回相关案件，其他的大法官投了赞成票。
托马斯法官在反对意见书中说：“一个缺乏清晰规定的选举系统会令选民不清楚应该遵从谁的规定；更糟糕的是，当出现多个选举规定时，参选人可能会根据不同的选举系统宣布自己获胜。 ”
因此他认为，最高法院拒绝审理此案的决定是“莫名其妙的”。托马斯法官还表示，最高法院应该就各州非立法官员的行政官员是否有权制定大选规定做出裁决。
他写道：“如果州政府官员有他们声称的、修改选举法的权利，我们需要澄清这一点；如果他们没有，我们也需要这种行为产生灾难性的后果前制止这种行为。”
托马斯还说，“关于2020大选的的很多案件似乎只提诉了不恰当地修改选举规则的行为，而非舞弊现象；但是这种观察结果并不足以让人安心。只是认为此次大选缺乏强大的、证实大选舞弊的证据并不足以恢复选民对大选的信心，选民仍然需要被确保大选中的舞弊现象没有被遗漏。 ”
他还特别以宾州作为例子，指出2020大选中几个州存在的违宪问题：
“美国宪法授予了各州议会决定如何本州举行联邦大选的权力，然而在2020年大选前后，数个州的非立法官员自行设立了相关规定，其结果是最高法院收到了非同寻常数量的、挑战这些决定的诉状和紧急处理申请，而宾州案就是其中的一个明显例证。
“在大选期间修改大选规定本身就很糟糕，更何况修改这些规定的人是并没有权利这样做的行政官员。
“宾州议会的规定明确要求接收邮寄选票的最后日期为大选日晚8时；但是在宾州行政官员对此表示不满后，宾州最高法院下令将最后日期延长了三天，还下令该州的选举官员根据新最后日期计读选票，哪怕没有证据例如邮戳显示那些选票是大选日寄出的。这个修改规定的决定似乎只影响了很少一部分选票，以至于不足以影响任何联邦大选的选举结果，但是未来可能就不是这么简单的事情了。其实宾州最高法院的一个独立的决定可能已经改变了大选的结果。”
托马斯是老布什总统提名的一位非裔大法官，他在2020年1月6日曾经在推特上留言道：“热爱那些推动令美国再次伟大运动的人们！” 而他的夫人也曾经在推特上留言到：“上帝保佑每一位站出来的人和每一位祈祷的人！”
