（摘自维基百科）
转基因辩论及科学素养
2013年, 崔永元“自费”过万赴美“调查”转基因食品的安全问题，宣称：“在美国的超市，转基因食品是有明显标记的，并且和非转基因的食物是分开排放的。并且大部分的美国消费者对转基因的危害是有认识的，且表示，如果能够不买转基因食品的话，他们会尽量避开这类食品，因为对人体的危害性目前还没有深刻的研究。” 崔永元的转基因纪录片在国内引起轩然大波，而且他的结论和国内知名学者力挺转基因的观点大相径庭。2013年9月，崔永元与方舟子关于转基因食品市场化问题在互联网上展开辩论。崔永元2014年称方舟子常收黑基金，是网络流氓和骗子，用骗术获得67万美元，并在美国购入豪宅一栋，要求方舟子“在法庭上证明67万美元是‘正常收入’。
2015年6月25日，北京海淀法院一审宣判，认为崔永元和方舟子部分微博均构成名誉侵权，各承担赔礼道歉、赔偿损失等责任。但方舟子表示将会上诉。
2015年3月26日，崔永元在复旦大学举办了一场有关于转基因的讲座。尽管组织方阻挠生物学专业的师生进入现场，但复旦大学生命科学学院遗传学研究所教授卢大儒最终仍突破阻挠进入现场与崔辩论。面对卢大儒的质问，崔永元问卢大儒，黄金大米到底转了几个基因，卢答称是两个，崔永元则称是七个（真实数量为两个）；卢说转基因安全是科学家共同体的共识，崔则反问卢什么是科学家共同体，并反驳卢说新闻界共同体认为你们这个共同体不靠谱。
2015年7月，新浪微博用户“黑化_番长”发布了一条恶搞性质的钓鱼微博称“肯德基麦当劳薯条被检测出具有潜在毒性的物质氯化钠”。该钓鱼微博被崔永元当成真实新闻转发并置顶（现已取消置顶），并附上讽刺性评论“这不科学，因为这么多年医学界从未发现一例因食用肯德基麦当劳薯条导致病患的顾客，和转基因一样一样的啊！”崔永元的行为引发了公众对其科学素养的质疑，崔永元本人也因为此事件在网络上获得绰号“崔化钠”。另外，其“静脉血是蓝色的”、“重水浇地”等言论也引发网络对其科学素养的质疑。
2015年11月，崔永元在个人微博置顶了一条人肉信息，被人肉者网名“飞雪之灵”，是果壳网的一名科普作者，其看待转基因的立场与崔完全相反。在随后长达半月的时间里，崔永元几乎每天都会转发攻击果壳的微博，同时对中国农业大学进行调侃，引发农大部分师生的不满；之后崔永元又以“说脏话”为由，在自己的微博上挂出数十幅农大网友微博主页截图，并辱骂被挂出截图的农大师生为“垃圾”，引发农大师生强烈反弹。事后，中国农业大学微博协会发布了《面对网络暴力，我们该怎么做》一文，称崔永元的行为“曝光隐私”，“造成了较恶劣的影响”，并号召农大学生“不要理会”、“拒绝网络暴力”[27]。其后崔永元及其支持者又多次以网络暴力手段打压反对者。
2017年3月，崔永元宣布下海创立专门售卖非转基因食品的公司璞谷塘。由于其商品定价比市场价格贵五倍以上（崔永元对此回应称“再吵吵 还涨价”），且商品检测报告显示与中国国家最低上市标准相差无几，甚至被质疑以普通产品冒充绿色食品以及销售不合格产品，在网络上引发了对其采取误导性手段反对转基因的动机的质疑[30][28]。他在同年全国政协上提交提案，要求追究农业部在转基因食品监管上失职的责任，但他在微博上发布的有关提案的帖子被删除。其央视的前同事还通知他，指已收到审查部门的禁令，不准报道其提案。之后他发微博慨叹“实话好难说”，批评删除其提案是给人民政协制度抹黑。后来他重新发布遭删除的提案，希望更多人“知晓有人阻扰我把群众的健康问题提出来”。
2017年5月，崔永元在微博上和“评论员李铁”展开转基因争论，崔永元攻击李铁称其妻子患胃癌去世和“总吃转基因”有关，李铁则回复称崔永元“太下作”。
2017年7月26日，崔永元在璞谷塘旗下的微信公众号“璞谷塘安全食品俱乐部”微信发表公开声明，宣布辞去璞谷塘担任的所有职务并退出所有股份。他表示，这和他反对转基因食品、导致个人受牵连有关。翌日，崔永元辞职后首度接受采访，称自己最近一直收到恐吓信和死亡威胁，发声明就是为了避免朋友受牵连，但并不意味着妥协：“你们想要崔永元跪下求你们、服你们，门儿都没有。我这辈子要跟你们血战到底。”
2019年1月，崔永元宣布在淘宝天猫开卖天价牛肉“崔永元真牛”，被网友扒出盗图及虚假宣传。
举报中唱涉嫌涉密
2015年6月8日，崔永元发微博称，中国唱片总公司将一些文献母带的数据化处理工作交给一家中日合资公司完成，违反了档案数字化外包安全管理的有关规定，因此崔永元决定报案。而中国唱片总公司回应称，负责资料数据化的中唱胜利影音公司为中国唱片总公司控股的下属子公司，对唱片模板和母版磁带进行数字化处理，法定代表人为中唱总公司副总经理，员工均为中国公民。
曝光影视圈阴阳合同
更多信息：范冰冰偷税漏税事件
2018年5月11日，因得知电影《手机2》正在拍摄，崔永元在微博上重提因电影《手机》而与导演冯小刚、编剧刘震云等人的恩怨。据崔永元在5月30日接受采访时表示，2003年的电影《手机》狠狠地侮辱了他。他表示现实生活中是因为他患了抑郁症所以《实话实说》才换了和晶来主持，而电影里就描写成了因为葛优跟范冰冰有了暧昧关系，所以把这个位置让给了她。而且这种暗示导致有些媒体代入现实，给崔永元的家庭以及同事带来了伤害[38]。崔永元表示《手机》上映以后，冯小刚从来没有给他道过歉，只是解释说他们想跟崔永元开个玩笑。而刘震云道歉过三次，但是崔永元并不满意。
5月24日，崔永元发表微博炮轰范冰冰于多年前获得“国家精神造就奖”[40]，当日晚间，范冰冰发微博表示拍摄《手机2》很开心而进一步激怒崔永元。崔公布了若干电影演出合同影射娱乐圈明星通过签订“阴阳合同”方式暗中逃税，但其中一份合同由于疏漏没有盖住范冰冰名字而引发大量关注，其后范冰冰工作室回应说公布涉密合同是违法行为。对于此事，中国国家税务总局已介入调查。另外，无锡市滨湖区地税局目前也已经介入调查取证，相关情况将有待发布。据称，因为崔永元爆料范冰冰，华谊兄弟、唐德影视等中国国内影视相关股票6月4日全线大跌，据估算市值蒸发近100亿元，其中《手机2》直接相关方华谊兄弟开盘时已接近跌停。6月6日，华谊兄弟发布公告，宣布华谊兄弟持股人王中军、王中磊的股份质押状况。其中王中军原持有公司总股本的22.07%，截止公告日共向中信建投证券有限公司质押股份550,879,999股，手里仅剩2.21%的公司股份；王中磊原持有公司总股本的6.19%，质押股份142,799,999股后手里仅剩1.04%的公司股份。
另外，崔永元还曾于2017年年初，与另外一名据称和他一样同为“红二代”的蔡小心的发生过言论纠葛，崔攻击对方生理缺陷，引对方的不满。由于对中文理解方面出现偏差，崔永元在2018年6月3日翻出前一年的旧账宣称，蔡小心的友人原中国人民解放军空军试飞专家、国际级功勋试飞员徐勇凌通过新浪微博的认证账号“@国际试飞员徐勇凌”上对他“发出死亡威胁”。对此崔永元威胁徐勇凌到：“试飞员，你完蛋了”，并令徐早点滚，趁他还没功夫收拾徐。由于，崔永元将2个相差一年的不同时期所发生的事情混合在一起发信息，误导公众认为，徐勇凌为了范冰冰而威胁崔本人。中国空军方面随后发布消息称，徐勇凌早已于2014年12月退役，也于2015年完成了专业地方的全部移交事务。并表示空军部队坚决贯彻关于现役军人使用互联网的相关法律和规定。此外，还有有媒体借用网路言论说徐勇凌是李晨的“兄弟”，不仅对崔永元发出过“死亡威胁”，还对袁立也发过“死亡威胁”。由于受到崔永元粉丝的对其发动多日的人肉搜索式的网络攻击，徐勇凌于2018年6月8日，通过个人微博和媒体解释了，他是由于友人受到过崔永元的人身攻击，才曾在个人微博上发表了一些用词激烈的愤怒言论，并通过公众媒体发表了落款于6月5日的对崔永元本人曾使用过激烈网络言辞的公开致歉信。徐勇凌用“人肉总是明目张胆的，而死亡威胁总是私信的，这样的私信抽屉装不下”的话语直接否认了崔永元对他所指控的“死亡威胁”的说法。
6月5日，崔永元再次接受采访，表示对误伤范冰冰、徐帆、刘雨霖道歉，但是仍然不会放过刘震云与冯小刚。而且其手中还有很多影视圈明星的巨额“阴阳合同”，更有一对演员夫妻的合同金额高达7亿5千万人民币，其中包括利用韩三平担任《大清相国》监制、李连杰出演新版《中南海保镖》、购买域名等名目拿走9,738万人民币[52]，且李连杰已私下联系崔永元表示不知道有此出演计划。当天，崔永元又透露“杨子今天已经托人给我带话，说要灭了我”。杨子其后表示他并没有威胁过崔永元，也从未签署过7.5亿合同。而韩三平本人也回应说没有拿过《大清相国》的监制费。
检举上海警方不作为
2018年10月7日，崔永元微博小号@小崔读书汇发文质疑国家税务总局、上海市公安局经侦大队和中国证监会在调查和处理“阴阳合同案”中的违法乱纪行为，并表示绝对不会害怕退缩。崔永元披露他和与国家税务总局人员交往的过程，指上海公安局经侦大队派人询问，其办案态度蛮横无理，侦查他所参与的公司，彻夜审讯他之前的助理，因此怀疑警方与他人有利益勾结。此外，他还指警察当着他的面喝两万一瓶的酒，抽一千一条的烟“几十万的现金用个书包就提走”，存在贪污腐败问题。崔永元的曝光文章在网络上引起民众围观后，上海市公安局官方表示已成立小组调查事件，但他们多次联系崔永元没有得到回应，希望崔永元能主动联系警方并配合，一旦查证属实，将依法依规处理。随后，崔永元质疑警方摸清他公司和助理的情况，并报上了一名经侦副支队长的名字，并曝光经侦副支队长儿子参股的影视公司，质疑经侦副支队长对其儿子的违法涉案问题存在包庇和庇护。此前，崔永元曾与原快鹿集团主席施建祥过往甚密。他暴光涉及阴阳合同的三部电影──《大轰炸》、《大清相国》、《中南海保镖》亦与施建祥相关。快鹿集团系列非法集资案在2016年案发，由上海市公安局长宁公安分局侦查。施建祥现被通辑。上海警方询问崔永元，因范冰冰案，或因快鹿集团案，不得而知。
千亿矿权案卷宗丢失
主条目：陕西千亿矿权案
2003年，榆林凯奇莱能源投资有限公司与西安地质矿产勘查开发院签订合作勘查协议，凯奇莱探明菠萝井田储煤15.6亿吨后，西勘院在未提出解除合同情况下，在2006年与香港益业投资（集团）有限公司在同一标的上签订合作勘查协议。凯奇莱愤而起诉西勘院。2017年12月，维权12年的民企凯奇莱胜诉。在作出判决前一年的2016年11月下旬，该案二审全部卷宗一次性丢失，事发地点正是审理该案的有关单位。在丢失前的20多天，凯奇莱法定代表人 赵发琦公开实名举报陕西省主要领导干预该案，并指责此前有司枉法裁判。审理单位在发现卷宗丢失后，曾多方寻找，并发现事发时监控为黑屏，随即便逐级汇报至院主要负责人。但在事件发生后的两年里，有关单位未对此事进行报案，也未展开内部调查，更未对任何人进行查处，卷宗至今无下落。2018年12月，崔永元微博爆料此事，引发舆论广泛关注。中国最高法微信公众号2018年12月29日晚发布情况通报称，已启动调查程序。
言论
2015年3月4日，崔永元在第十二届全国政协第三次会议上拿着自拍“神器”与时任中国共产党中央纪律检查委员会书记王岐山互动说：“王书记我想发言。我在这儿吧，没事。特别高兴见到王书记，我刚刚见到您的第一感觉是特别紧张，我觉得我自己没什么事，不知道为什么见到您还紧张，我是希望所有的有事的人见到您都紧张。这是老百姓的想法”。王岐山笑答：“今天你不是把扩音器打开了吗？你还拿着自拍这个，《东方眼》吓人哪，你到时候把我这个讲话出去了，就是你（播出去的）。”
2017年6月4日，六四事件28周年纪念日当天，崔永元在新浪微博发布致全国政协主席俞正声的公开信，称一些人利用自己的特殊身份，在互联网上肆意作恶，栽赃构陷，杀良冒功。他指控那些人在网上大耍流氓，“他们手中握有删帖、销号的特权，搞得舆论场乌烟瘴气”。公开信发布后，他被新浪微博禁言30天。网民贴出崔永元和管理员的对话截图，显示微博方面称禁言原因是崔永元近期发布的内容违反了国家相关法律法规，但崔回应称“你们不是东西，会遭报应的”。香港有线电视引述崔永元的话称，他会继续在网上平台发声，抗议网络管理机构和“五毛”的监控，捍卫发言权，直至最后的沉默。
