1956年，共产主义阵营的波兰、匈牙利爆发了由知识分子领导的民主运动。毛泽东从中看到知识分子的作用，感受到了中共政权的危机。他萌生了要制服中国知识分子的念头，决定对中国的知识分子采取行动，“先下手为强”。
毛泽东按计划在“党内指示”里边说：“党报正面文章少登，大字报必须让群众反驳，高等学校组织学生座谈，向党提意见，尽量使右派吐出一些毒素来登在报上，可以让他们向学生演讲，让学生自由表示态度，最好让反动的教授、讲师、助教以及学生大吐毒素，畅所欲言。他们是最好的教员。”
毛泽东说：“有人说这是阴谋，我们说这是阳谋，因为是先告诉了敌人，牛鬼蛇神只有让他们出笼，才好歼灭他们。”
在毛“引蛇出洞”的阳谋作用下，北京大学中文系的学生张元勋、沈泽宜在五月十九日贴出了用诗写的《是时候了》的大字报。瞬间，这篇大字报就引来了一场空前的大辩论。
1957年5月22日晚上，林昭参加了一场在北大的“口战”。当时，有人发言说“大字报中的右倾言论是反革命煽动”。林昭站到桌子上说： “今天晚上开的是什么会？是演讲会，还是斗争会？……斗争谁？斗争张元勋吗？他有什么地方值得你们一斗。你们这些先生，刚才发言的我都认识，都是中文系的党员，触犯你们的喉管子了。”“我料到一旦说话就会遭到像今晚这样的讨伐！我一直觉得组织性与良心在矛盾着！”
据张元勋回忆说，林昭话音还没说完，后面就有人问：“你是谁？叫什么名字？”林昭反问：“你是谁？你有什么资格问我？你是公检法吗？还是便衣密探？……我告诉你，我姓林，双木三十六之林，昭，刀在口上之日的昭。今天刀在口上也好，刀在头上也好，不考虑了。既然来了，就不考虑刀在哪里了。”
一周后的一天上午，《红楼》编辑部开会，宣布：张元勋和李任因创办右派刊物《广场》而被开除《红楼》编委会。随后大部分编委发言批判张元勋和李任的所谓“罪行”。林昭在发言时对张元勋说：“我有受骗的感觉！”
其实，那天部分北大学生攻击张元勋的时候，林昭之所以站出来为张元勋说话，是因为她看不惯那些人攻击别人时所表现出来的道德和人性上的卑劣行为。那些人先代表“组织”动员同学提意见，然后又出尔反尔地抓住辫子置人于死地。
那次经历后，林昭发生了变化。她对中共的崇拜开始动摇。据中国现代文学研究者钱理群描述说：“她有个根本的变化，对这个政权的基本立场变了。她以前承认它、拥护它，在这个前提下提出她的批评。后来她发现她面对的不是一个个人问题，面对的是整个制度的问题，那么她思想就有了质的飞跃。她就是反抗极权”。
当时有人政治嗅觉比较敏感，预感到林昭惹麻烦了，就赶紧跟她划清界限。林昭的同学张玲回忆说：“在路上不敢打招呼，我跟右派同学要划清界线。“我交过林昭的一张字条，就是交给组织上了，上头写的是，‘此时无声胜有声’。”
林昭的另一位同学沈泽宜回忆说：“我到南校门外的海淀的小店吃早点，一撩开门帘看过去，林昭在那吃饭，周围都是北大学生，之间没法说话，她抬起头看我一眼，我也看了她一眼，就这样默默地对视了一下，这就是永别。绝对没想到这是此生的最后诀别。”
1957年秋天，林昭被打成了“右派分子”，她吞服大量安眠药表示抗议。中共当局说林昭这是抗拒改造，批她劳教三年。据林昭北大的同班同学陈爱文回忆：“在当时所有的右派都检讨了，就是林昭坚决不检讨。”
林昭说：“我有观点就是人人要平等、自由、和睦、和蔼，不要这样咬人。如果你们一定要这样干，那你们就干去！象这样的社会有什么好的？当然不好嘛。”
林昭后来在狱中写血书的时候记录了这段岁月。她写道：“每当想起那惨烈的1957年，我就会痛彻心腑，不由自主地痉挛起来。真的，甚至听到、看到、提到那个年份都会使我条件反射似地感到剧痛。这是一个惨淡悲凉的年份，染满中国知识界和青年群体的血泪。假如说在此之前处于暴政下的中国知识界还或多或少有一些正气的流露，那么在此之后确实是几乎被摧残殆尽了。”
林昭在新闻专业资料室接受群众“监督改造”期间，她认识了在那接受“劳动考察”的人大新闻系右派学生甘粹，甘粹经常照顾林昭，两人渐渐产生了感情，拥有了一段短暂而温馨的爱情。
纪录片《寻找林昭的灵魂》的导演后来找到甘粹询问这段往事的时候，甘粹说党总支书记扔给他们的一句话是：“你们两个右派还结什么婚啊？! ” 就这样，中共官员以他们谈情说爱是抗拒改造为由，拒绝了他们的婚姻申请。后来中共直接把甘粹发配到了新疆农二师劳改营劳改了22年。
甘粹走了以后，林昭就病倒了，她经常咳血，身体非常虚弱。经过校方批准，1960年初，林昭的母亲赶到北京把她接回上海养病。
