是什么导致了瘟疫？为什么只在这里发生，而不在那里发生？为什么同在一个城市，这所房子或这一区域有疫情而其它的区域则没有？为什么即便在同一所房子里，是这个人而不是其他的人感染瘟疫？他们同吃同住同呼吸，睡在同一张床上。是什么原因造成如此差别？
预言变成了现实
像任何一次灾祸一样，瘟疫爆发前，上天就已经对伦敦进行了预警。1664年冬天，一颗彗星拖着长长的尾巴，从伦敦上空划过，占星家认为这是“恶魔要降临人间的预兆”，战争、饥荒或者瘟疫可能会降临。
两年前，荷兰的阿姆斯特丹因瘟疫死亡了5万人。海峡对面的英国与阿姆斯特丹有非常频繁的贸易往来，虽然一直对来往船舶实施隔离检疫，英国却没能阻止瘟疫的入侵。1665年春，瘟疫开始在伦敦迅速蔓延。预言变成了现实。
基督教认为，瘟疫是上帝的惩罚降临，“上帝是瘟疫的第一原因”。当时的基督教国家大多也是以宗教疗法应对瘟疫。但与其它西欧国家不同，英国政府防疫对策逐渐脱离宗教，向世俗化转变为以非宗教手段的政策防控。
早在1518年，英国政府就在历史上第一次公布了瘟疫法，1543年颁布的防疫法令，几乎囊括了以后的所有防疫措施。1578年，政府重新颁布防疫法，规定如果有人染疫，其所有家庭成员都不得外出，违者严惩；染疫者外出游荡将被没收财产、剥夺公民权，判重罪甚至处死；没有染疫的家庭成员若四处游荡将被当成流浪者，受鞭笞或监禁。
1664年瘟疫爆发后，伦敦市政府推行了更为严格的隔离措施，为防疫的各个环节配备了警察、治安法官、搜尸人、尸检人、岗哨、护理者等等。政府有权将疫区整体隔离，禁止出入；感疫者或疑似者被警察送入隔离营，不配合的公民被强制执行；为防止公民出逃，政府派专人监控，严惩不贷。对外来流动人口的管控也进一步加强了。
隔离当时引发了很多问题。无病症者被隔离，导致疫病在家庭成员间的传播，当时的文献表明，强制隔离造成很多家庭成员死亡，这样的葬礼约占教区总数的1/3~2/3。
很多民众把隔离政策看成是政府的惩罚而予以抵制，认为侵犯了他们的权利与人身安全，但往往又此遭到了更重的处罚。隔离被扩大化，不仅染疫人遭到隔离，一些身体健康的流浪人群也遭到限制惩罚。政府以防疫之名，将隔离演化成一种社会规惩手段，趁机加强了对民众的控制。
当时瘟疫也散播到了法国等国家，与同期的其它国家相比，英国的防疫是最全面的：娱乐活动和聚会全部取消，戏院关门，酒吧歇业；为切断传染源，所有猫、狗等都被扑杀了；政府在城区内不停地燃火，认为高温可以洁净空气，在街头，经常焚烧辣椒、啤酒花及乳香等气味强烈的物质；烟草被认为可以净化空气，有些地区，学校学生都被要求每天早上抽烟，以抵御病毒散播。
但隔离政策与防疫措施是否阻止了瘟疫的扩散？事实证明收效非常有限。
9月上旬，长满杂草的伦敦街道，几乎看不到行人。每到夜晚，运尸车载着横七竖八的尸体，运到各处埋葬。运尸车的车轮声及车铃声，让人毛骨悚然，熙攘繁华的伦敦城完全变成了死城。
根据记录，从10月份开始，伦敦每周的死亡人数为一千人左右，之后每周死亡人数继续攀升，高峰期每周有七千人死亡。8月到10月期间，伦敦就掩埋了七万多疫亡的尸体。
1666年9月，伦敦城遭遇一场大火后，瘟疫就地消失了。有说法认为，大火烧掉了卫生恶劣的房屋及里面的瘟疫源头——老鼠和跳蚤，导致瘟疫消失。但流行病学的统计表明，在整个欧洲的所有城市，瘟疫几乎是在同一时间神秘消失的。
这场伦敦大瘟疫，使伦敦损失了五分之一的人口，死亡超过十万人。
亚姆村：赎完上帝派给人类的罪行
现代人熟知的亚姆村的故事，被认为是伦敦大瘟疫中成功隔离的案例。其实如果还原到当时全民信仰基督教的氛围中，还会有更多的解读。
亚姆村位于伦敦西北的德比郡，1665年9月，伦敦寄来的布料样品使亚姆村的一个裁缝染疫而亡，之后三个月，亚姆村的42名村民相继感染死去。
当村民想逃出亚姆村时，教区牧师说服大家留下来。牧师认为，如果是上帝的旨意，逃跑也不能躲开瘟疫，还会传染别的地区，“我们要留在这里，赎完上帝派给人类的罪行，如果我们不出去，就不会有更多的人被上帝惩罚了。”
牧师表示宁可自己死，也不愿意把瘟疫传给周围的村镇，这表现了他甘愿自我牺牲的善良愿望。其实，伦敦瘟疫爆发后，就有二十万人从城里出逃，后来政府出动警力，强制隔离了疫区，人流被禁止出入。疫区周围很多地方都自我封路，拦截出逃者进入，当时逃出亚姆村的人，也有被歧视的记录。
按照基督教的解释，既然瘟疫是神对有罪之人的惩罚，若因瘟疫而死，可能就是在“赎完上帝自己的罪行”，人应该坦然面对，以获灵魂的最终救赎。欧洲黑死病时期，马丁‧路德也劝说众人不要逃亡，他曾说：“当神的管教临到时，我们最好是对死亡做好充分的准备，而非对其充满恐惧。一心持守那爱的原则和自己的职分。”
所以，亚姆村民不出逃的行为，也体现了他们对瘟疫的理解。幸免于难的村民玛格丽特后来说：“这确实非常可怕，但我们每个家庭都因虔信上帝，并不忧惧死亡。”尽管活下来的人越来越少，村民仍坚持到户外空旷的草地上参加礼拜，他们祷告忏悔，希望村子尽早得到“上帝的赦免”。
当亚姆村死去了75%左右的居民后，瘟疫自行消失了。
能驱散上帝愤怒的，是洁净我们的心灵
从14世纪的欧洲瘟疫肆虐时，人们就普遍认为，瘟疫是上帝对人类纵欲、道德沦丧的一种惩罚，是神灵愤怒引起的邪灵入侵了人体，也就是说，瘟疫不产生于现实空间而是神界，人们只能通过祈祷、忏悔等方式，净化灵魂，寻求上帝谅解，以平息神怒，消除瘟疫。
当时文献中，记载了很多用宗教疗法治愈疾病的奇迹。如，患有不育症及淋巴结核的妇女，经神父触摸，疾病马上消失，一年内生下双胞胎；坎特伯雷的圣托马斯用稀释的血液治愈了失明者、精神病人、麻风病人和失聪者等等。
直到16世纪，意大利、法国、西班牙等地区爆发瘟疫时，还经常举行盛况空前的祈祷仪式及宗教大巡游，祈求耶稣、圣母玛利亚或圣徒们的宽恕。
但在那时的英国，此类活动被严禁举行，传统宗教疗法几乎被完全抛弃，政府以法律手段推行隔离政策，虽然宗教人士认为其“不符合基督教的崇善原则”。
早期医学从属于神学，人们相信神是一切肉体和灵魂苦痛的主宰，身体的治愈必然伴随着灵魂的治愈，所以，神圣（holiness）和治疗（healing）有着相同的词根，拯救（salvatjon）和治愈（cure）也是由同一词根演化而来。
文艺复兴后期，医学渐渐脱离神学，医学家注重在表面物质空间抑制病毒的传播，人们被指导如何做好瘟疫的预防，似乎通风良好、环境清洁及饮食得当就可以免疫，当时的医生被称作“从宗教的禁锢中解放出来”，内科医生似乎更懂得解除瘟疫造成的发热，外科医生对祛除皮肤表面的脓疮和肿块有了更多的经验。
但史料中，没有发现因治疗而痊愈者，却发现有因手术而丧命的例子。医生所付出的努力并没有实效，更多的只是安慰而已。不论在家庭还是在隔离医院中，病人最后或者病死，或者不治而自愈。
政府认识到不洁空气、水或羊毛布料及没有理葬的尸体等会携带病毒传染瘟疫，便立法加强城市的公共卫生的维护、清除各种垃圾污秽，但这是产生瘟疫的根本原因吗？
英国清教徒牧师查德顿当时对此悲叹道：“能驱散上帝愤怒的，不是打扫卫生、保持室内与街道的清洁，而是洁净我们的心灵，使我们的灵魂远离罪恶。”
16～17世纪的两百年内，伦敦城内就有十余次大瘟疫，平均每一二十年就爆发一次。瘟疫期间，人们转向宗教对瘟疫的解释，开始关注灵魂的救治，布道就比平时更为兴盛。所以每次瘟疫爆发总是伴随着新教、清教主义的发展，但瘟疫过后，很多人还是故态复萌。
1665年大瘟疫爆发时，伦敦已经从使用木材做燃料变为使用煤炭做燃料，工业生产效率大幅提升。经济的飞速发展，吸引了各种人到都市发展。随着人文主义的张扬，个性及自我被推崇导致欲望膨胀，人越来越关心肉身的满足而非灵魂的提升，酗洒、卖淫、同性恋、乱伦、赌博等非常普遍，亵渎神灵、违反上帝旨意的各种伤风败俗在伦敦已成为时尚。当时就有虔诚的教徒忧心忡忡，认为上帝的惩罚即将降临。
